阮元于高宗乾隆二十九年甲申（1764年）出生于江蘇揚州府城一個以文兼武的世家。他的祖父阮堂武進士出身，官湖南參將，曾率軍征苗，活捉苗人數千人。父親阮承信系國學生，修治《左氏春秋》，為古文大家。母親林氏也出身于士宦之家，通曉詩書，有修養。
    阮元5歲開始跟從母親學字，6歲進私塾就學。他的母親對他偏重于文字的教育，他的父親則令他通文義和立志向學。阮承信熟讀《資治通鑒》，對阮元講“成敗治亂，戰陣謀略”，并教他騎馬和學射箭，并對他說“此儒者事，亦吾家事也”，希望他文武兼備。
    乾隆五十四年（1789年）廿五歲的阮元中進士，入翰林院任庶吉士，次年授翰林院編修。一年后因學識淵博，受高宗賞識升任少詹事，入值南書房、懋勤殿，遷任詹事。1793年至1795年，提督山東學政，曾數游濟南名泉，留下不少贊泉詩，寫有《小滄浪筆談》，雜記濟南掌故風物等；廣交山東及寓魯金石學家，遍訪山東金石文物，在畢沅主持下，撰成《山左金石志》24卷，對山東乾嘉之際金石學的興盛貢獻頗巨。后歷任浙江學政，仁宗嘉慶三年（1798年）返京，任戶部左侍郎，會試同考官，未幾又赴浙江任巡撫，撫浙約十年。在任期間，除吏治軍政之外，又糾合浙江文人，編書撰述不輟。嘉慶六年（1801年）在杭州建立詁經精舍，聘王昶授詞章，孫星衍授經義，作育英才。以嘉慶十年喪父，服除，任職兵部，又先后出為湖南、浙江巡撫。在浙江巡撫任上，政績頗多，其最大的功勞就是平定海盜。
    嘉慶十九年（1813年）調江西巡撫，因捕治逆匪胡秉耀有功，加太子少保，賜花翎。嘉慶二十一年（1815年）調河南，升湖廣總督。任期內修武昌江堤，建江陵范家堤、沔陽龍王廟石閘。嘉慶二十二年（1816年）調兩廣總督。在粵期間，建議禁鴉片，對英商采用較嚴厲的政策并上書嘉慶帝，認為“宜鎮之以威，不可盡以德綏”。嘉慶廿五年（1820年）在粵創立學海堂書院。道光元年（1821年）阮元兼任粵海關監督。當時來往中國的外國船只常常挾帶鴉片入境，阮元對敢于經售鴉片者予以嚴辦。道光六年（1826年）遷云貴總督，一方面罷免貪官污吏，加強對鹽稅的征收和管理；另一方面，組織偏遠地區的百姓開荒種地，防御蠻族的進攻。道光十五年(1835年)召阮元回朝，拜體仁閣大學士，，管理刑部，調兵部。道光十八年（1838年）因老病致仕，返揚州定居，道光帝許之，給半俸，臨行加太子太保銜。道光二十九年（1849年）卒于揚州康山私宅，謚“文達”，享壽八十六歲。入祠鄉賢禂、浙江名宦祠。
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